|
|
Elektroforetické a imunofluorescenční metody ve studiu rostlinných buněčných kultur
Klimešová, Marie ; Babula, Petr (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Působením různorodých stresových faktorů prostředí vznikají v organismech reaktivní formy kyslíku a dusíku, které mají negativní dopad na daný organismus. Rostliny si proto vybudovaly efektivní antioxidační systém, který jim pomáhá bránit se negativním účinkům reaktivních forem kyslíku a dusíku. V práci byl sledován vliv peroxidu vodíku a benzoátu sodného na produkci peroxidu vodíku, superoxid anion radikálu, reaktivních forem dusíku a malondialdehydu obsažených v kořenové a nadzemní části kukuřice seté (Zea mays L.). Pomocí fluorescenční mikroskopie byly získány obrazy příčného řezu kořene, ze kterých byla určena intenzita fluorescence jednotlivých částí kořene a sledován vliv intenzity fluorescence markerů oxidativního stresu v závislosti na typu použitého fluorescenčního filtru.
|
|
|
Automatická úprava obrazů z 1D gelové elektroforézy
Kovář, Martin ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V této bakalářské práci jsou vysvětleny základní principy elektroforézy a jejích modalit se zaměřením na 1D gelovou elektroforézu. Popisuje analýzu elektroforeogramu a příčiny jeho zkreslení, a uvádí specifikace aplikací metody v mikrobiologii, genomice a proteomice. Praktická část prezentuje vývoj, optimalizaci a výstupy programu pro automatickou analýzu elektroforeogramů, vytvořeného v prostředí Matlab. Analýza zahrnuje detekci linií a proužků v obrazu a výpočet molekulárních hmotností vzorků. Závěr práce tvoří hodnocení účinnosti detekce a přesnosti výpočtu hmotností.
|
|
|
Příprava a purifikace plasmidových DNA
Němeček, Milan ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
S rozvojem terapeutických metod v lékařství, jako jsou DNA vakcíny a genová terapie, se zvyšuje poptávka po nových postupech izolace a purifikace vysoce čisté plazmidové DNA. Nejčastěji využívanými metodami purifikace plazmidové DNA jsou metody chromatografické. V experimentální části byla provedena izolace plazmidové DNA pUC 19 metodou alkalické lýze. A následně byla provedena purifikace plazmidové DNA agarózovou gelovou elektroforézou a kapalinovou chromatografií.
|
|
|
Interakce plasmidové DNA se sloučeninami lanthanoidů
Gőghová, Sabína ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V teoretické části bakalářské práce byl vypracován přehled literatury o izolaci a purifikaci plasmidové DNA, využití lanthanoidů jako neenzymatických nukleas a praktický význam sloučenin lanthanoidů v medicíně. V praktické části práce byla izolována plasmidová DNA pUC19 metodou alkalické lýzy. Izolované plasmidová DNA byla štěpena při 70 °C v různých časových intervalech chloridem neodimitým. K vyhodnocování experimentů byla použita gelová elektroforéza.
|
|
|
Interakce plasmidových DNA se sloučeninami lanthanoidů
Budko, Kateryna ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V poslední době je věnována značná pozornost lanthanoidům a jejich komlexům jako vynikajícím katalyzátorům štěpení nukleových kyselin. Diplomová práce byla zaměřena na štěpení plasmidové a bakteriální DNA ionty Nd3+ a Y3+ a různými nosiči obsahujícími sloučeniny lanthanoidů. Vznik jednořetězcových a dvouřetězcových zlomů v molekule plasmidové DNA byl sledován pomocí agarózové gelové elektroforézy. Ověření štěpení bakteriální DNA bylo provedeno pomocí polymerázové řetězové reakce s použitím primerů specifických pro doménu Bacteria a rodově a druhově specifických primerů. Výsledky budou použity při vývoji metody, která umožní ověření dokonalosti pokrytí nosičů s magnetickým perovskitovým jádrem, a dalších nosičů obsahujících sloučeniny lanthanoidů.
|
|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Hlavatý, Matej ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Projekt sa zaoberá automatickým spracovaním výsledkov 1D gélovej elektroforézy. Študuje základné princípy elektroforézy a druhy šumu a chýb ovplyvňujúcich výsledok. Navrhovaný program slúži na automatickú detekciu stĺpcov v obraze. Z čiernobielych digitálnych snímkov elektroforézy vytvára sumačnú projekciu na vodorovnú os. Po vyhladení profilu hľadá lokálne minimá pomocou derivácie projekcie. V týchto miestach určuje hranice medzi stĺpcami dát.
|
|
|
Effect of crowding agents on DNA-surfactant interaction
Sovová, Šárka ; Hurčíková, Andrea (oponent) ; Pekař, Miloslav (vedoucí práce)
The diploma thesis focuses on DNA-surfactant interaction in crowding environment. DNA of 4017 base pair size was prepared using polymerase chain reaction and template plasmid pSB-E1g. The crowding environment was mimicked by polyethylene glycol and its effect on the interactions of DNA-surfactant system was investigated by dye exclusion study, electrophoretic mobility shift assay and DNase protection assay. Also the effect of ionic strength on DNA-surfactant interaction in crowding environment, using NaBr, was investigated. Data were evaluated and discussed in this work. The effect of crowding agent on surfactant CMC was studied using high resolution ultrasonic velocity. It was found that there is no significant effect of PEG on surfactant CMC. This work is going to be part of the scientific publication with title Combined role of macromolecular crowding and cationic surfactant in efficient DNA condensation.
|
|
|
Klasifikace vzorků 1D gelové elektroforézy
Krupka, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá klasifikací vzorků 1D gelové elektroforézy. Popisuje teoretické informace týkající se gelové elektroforézy, různým druhům rušení, zpracování obrazu a jeho klasifikace pomocí shlukové analýzy. Jeden z hlavních úkolů je vytvoření databáze obrazů s ohledem na jejich co nejvyšší obrazovou kvalitu. Je realizována metoda předzpracování a detekce hranic jednotlivých vzorků v prostředí MATLAB. A konečně, je realizována klasifikace na základě shlukové analýzy vzorků, které je posléze statisticky ohodnocena.
|
|
|
Interakce hyaluronanu s DNA
Sklenářová, Renáta ; Krouská, Jitka (oponent) ; Hurčíková, Andrea (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem možných interakcí mezi hyaluronanem (HA) a plasmidovou DNA (pDNA). Plasmidová DNA byla izolována z E. coli JM 109 (pUC19) a resuspendována v TE pufru stejně jako vysokomolekulární hyaluronan. Jednotlivé vzorky pDNA, HA a pDNA-HA byly charakterizovány pomocí gelové elektroforézy, CD spektroskopie a ultrazvukové spektroskopie s vysokým rozlišením. Elektroforézou na agarózovém gelu byl zkoumán vliv přídavku hyaluronanu k plasmidové DNA na migraci vzorků ke kladné elektrodě. Pomocí CD spektroskopie byly zkoumány strukturní změny u vzorků pDNA-HA. Jednotlivá CD spektra popisují závislost rozdílu absorpčních koeficientů pro levotočivé a pravotočivé elipticky polarizované světlo na vlnové délce. Ultrazvuková spektroskopie s vysokým rozlišením byla využívána pro studium interakcí. Je to analytická metoda, která je založena na měření ultrazvukové rychlosti a zeslabení. Tuto techniku řadíme mezi nedestruktivní metody, neboť procházející vlny neovlivňují strukturu analyzovaného vzorku.
|
|
|
Účinky vybraných peptidů na jednobuněčnou řasu Chlamydomonas reinhardtii
Avdeeva, Olga
V předložené práci byla prováděna aplikace modifikovaných novicidinových peptidů NVCAA a NVCHH na jednobuněčnou řasu Chlamydomonas reinhardtii. Cílem studie bylo zjistit minimální inhibiční koncentrace testovaných peptidů na bakterie Escherichia coli s následnou aplikací na jednobuněčnou řasu Chlamydomonas reinhardtii. Posouzení vlivu testovaných peptidu na řasu bylo prováděno pomocí spektrofotometrických analýz: obsahu chlorofylu A a chlorofylu B, celkového obsahu flavonoidů, celkové antioxidační kapacity a pomocí metody DPPH ASSAY. Molekulární změny Chlamydomonas reinhardtii byly stanoveny sledováním množství izolované RNA a exprese genů APX1, APX2, CAT1, CAT2 pomocí metody Real-time PCR. Statisticky zpracovaná data ukázala, že aplikace peptidů NVCAA a NVCHH vyvolaly značný stres řasy a tím zvýšila exprese genů zodpovědných za snížení oxidačního stresu.
|
host ::
RSS.